장애인 고용부담금 법인세 환급, 경정청구 기한과 2025년 시행 개정법
핵심 정리
- 대법원은 장애인 고용부담금이 의무 불이행을 이유로 한 공과금이긴 하나 개정 전 법인세법의 「제재로서 부과되는 공과금」은 아니라고 판단했습니다.
- 경정청구는 법정신고기한 후 5년 안에 해야 하며, 12월 결산 법인의 신고기한이 3월 31일이면 2021 사업연도는 2027년 3월 31일까지입니다.
- 2024년 12월 31일 개정으로 「제재로서」가 빠져, 2025년 1월 1일 이후 의무 발생분은 정부 회신 기준 손금불산입입니다. 이 대법원 판결은 개정 전 조문에 관한 판단입니다.
어떤 상황에서 문제되는지
상시 근로자 100명 이상인 회사가 장애인 의무고용률을 채우지 못하면 장애인 고용부담금을 냅니다. 해당 연도분을 다음 해 1월 31일까지 신고하고 납부하는 구조입니다.
이 돈을 법인세 계산에서 비용(손금)으로 넣지 않고 신고한 회사가 있습니다. 의무 불이행에 대한 제재로 부과되는 공과금이면 손금에 넣을 수 없다는 규정 때문입니다.
대법원은 2026년 3월 12일 이 부담금이 제재로 부과되는 공과금이 아니라고 판단했습니다. 회사로서는 이미 낸 법인세를 돌려받을 수 있는지, 언제까지 청구해야 하는지, 2025년 이후 분은 어떻게 되는지가 궁금할 수밖에 없습니다.
사안
한 금융회사가 2018년도분과 2019년도분 부담금을 납부했습니다. 이 회사는 2019·2020 사업연도 법인세를 신고할 때 부담금을 손금에 넣지 않았습니다.
회사는 2021년 11월 부담금이 손금불산입 대상이 아니라며 법인세 환급을 구하는 경정청구를 했습니다. 세무서가 다음 달 이를 거부하자 소송으로 이어졌습니다. 원심은 거부처분이 위법하다고 보았고, 세무서가 상고했습니다.
대법원의 판단
대법원은 상고를 기각했습니다(대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결). 공과금은 기본적으로 사업경비이므로 손금에 넣는 것이 원칙이고, 손금불산입 요건은 엄격하게 해석해야 한다는 것이 출발점입니다.
대법원은 이 부담금이 고용의무 불이행을 이유로 부과되는 공과금에는 해당한다고 보았습니다. 그러나 더 나아가 제재로서 부과되는 공과금이라고 볼 수는 없다고 했습니다. 이유는 다음과 같습니다.
- 벌금·과태료와 달리 고의나 과실을 따지지 않고 요건만 갖추면 일률적으로 납부의무가 생깁니다.
- 고용의무를 지키지 않은 것 자체를 처벌하는 규정이 없습니다.
- 고용의무는 상시 50명 이상 사업주에게 있지만 부담금은 100명 미만 사업주에게 부과되지 않습니다.
- 사업주 사이의 경제적 부담을 조정하고 장애인 고용을 유도하려는 제도여서 사업경비의 속성을 지닙니다.
- 과거 시행령은 이 부담금을 손금 항목으로 명시했습니다. 이 사건에 적용되는 구법이 마련되기까지 손금불산입으로 전환할 필요가 생겼거나 그에 관한 입법 논의가 있었다고 보기 어렵습니다.
2025년 이후 분은 결론이 다를 수 있습니다
이 판결은 개정 전 법인세법에 관한 것입니다. 법인세법 제21조 제5호는 2024년 12월 31일 개정되어 2025년 1월 1일부터 시행되었고, 「제재로서」라는 표현이 빠졌습니다. 지금 조문은 의무 불이행 또는 금지·제한 위반을 「이유로 부과되는 공과금」을 손금에 넣지 않는다고 정합니다.
판결이 부담금을 의무 불이행을 이유로 부과되는 공과금이라고 본 만큼, 현행 문언으로는 회사에 불리합니다. 부칙에는 이 호에 관한 별도 적용례가 보이지 않습니다.
조세금융신문 2026년 7월 3일자 칼럼과 법무법인 세종의 법률정보는 재정경제부의 2026년 5월 회신을 소개합니다. 2025년 1월 1일 이후 의무 불이행으로 부담금 의무가 발생하는 분부터 손금불산입이라는 내용입니다. 다만 이 판결은 개정 전 조문에 관한 판단이며, 세종의 글은 논점이 완전히 사라졌다고 보기 어렵다고 설명합니다.
| 구분 | 적용 조문 | 현재의 정리 |
|---|---|---|
| 2024년 12월 31일 이전 의무 발생분 | 개정 전 제21조 제5호 | 판결에 따라 손금산입 대상으로 경정청구 검토 |
| 2025년 1월 1일 이후 의무 발생분 | 개정 후 제21조 제5호 | 정부 회신 기준 손금불산입, 이 판결은 개정 전 조문에 관한 판단 |
실무상 시사점
- 먼저 세무조정계산서를 확인합니다. 부담금을 낸 사업연도마다 손금불산입으로 조정했는지 봅니다. 손금에 넣어 신고했다면 경정청구할 것이 없습니다.
- 기한이 가장 급합니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 해야 합니다. 12월 결산 법인의 신고기한이 3월 31일이면 2020 사업연도는 2026년 3월 말로 이미 지났고, 2021 사업연도는 2027년 3월 31일까지입니다. 성실신고확인서 제출 법인이나 신고기한을 연장한 법인은 날짜를 따로 계산해야 합니다.
- 경계 구간을 따져 봅니다. 2024년도분은 2025년 1월에 신고·납부합니다. 앞의 칼럼 필자는 12월 결산 법인을 가정해 2024년 12월 31일 이전 의무 발생분까지 판결이 적용된다고 봅니다. 의무 발생 시점과 손금 귀속 사업연도는 회사의 신고 내용과 함께 확인해야 합니다.
- 환급액을 부담금 전액으로 생각하면 안 됩니다. 손금이 늘어난 만큼 과세표준과 세액이 줄어드는 구조입니다. 그해 결손이었다면 결손금을 늘려 달라는 청구도 경정청구 대상입니다.
- 법인지방소득세도 함께 봅니다. 지방세기본법에 따른 경정청구는 지방자치단체의 장에게 따로 합니다.
- 거부되면 불복 절차로 넘어갑니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 통지해야 하고, 그때까지 통지가 없으면 통지 전이라도 이의신청이나 심판청구 등을 할 수 있습니다.
유의할 점
세무조사 등으로 경정을 받아 증가한 세액 부분은 처분이 있음을 안 날부터 3개월 안에 경정을 청구해야 합니다(법정신고기한 후 5년 이내). 조사를 받은 사업연도라면 이 점을 먼저 확인해야 합니다.
2026 사업연도 결산에서는 2025년 이후 발생분을 어떻게 세무조정할지도 정해야 합니다. 이 글은 법인을 기준으로 한 일반적인 설명이며, 결론은 사실관계와 시점, 이후의 해석 변경에 따라 달라질 수 있습니다.
근거
- 대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결 — 개정 전 법인세법 제21조 제5호 — 장애인 고용부담금은 제재로서 부과되는 공과금이 아님, 상고기각
- 법인세법 제21조 제5호, 부칙(법률 제20613호, 2024. 12. 31.) 제1조 — 「제재로서」 삭제, 2025. 1. 1. 시행
- 법인세법 제60조 제1항·제7항 — 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(성실신고확인서 4개월), 감사 미종결 시 연장
- 장애인고용촉진 및 직업재활법 제28조 제1항, 제33조 제1항·제5항 — 상시 50명 이상 고용의무, 100명 미만 부담금 제외, 다음 연도 1월 31일까지 신고·납부
- 국세기본법 제45조의2 제1항·제3항 — 경정청구 5년, 증가세액 3개월, 결손금 증가 청구, 2개월 내 통지와 무통지 시 불복
- 지방세기본법 제50조 제1항 — 지방세 경정청구 — 지방자치단체의 장에게
- 조세금융신문, 오종원 회계사 전문가 칼럼, 2026. 7. 3. — 재정경제부 2026. 5. 회신과 필자주 소개
- 법무법인 세종, 「장애인고용부담금이 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부」 법률정보(게시일 표시 없음) — 같은 회신과 남은 논점 소개
이 글은 일반적인 정보를 드리기 위한 것으로, 개별 사안에 대한 법률·세무 자문이 아닙니다. 구체적인 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으니 상담을 통해 확인해 주십시오.
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