어떤 상황에서 문제되는지

세금 고지를 받고 조세심판원에 심판청구를 하면 「재조사결정」이 나오는 경우가 있습니다. 심판원이 결론을 내리기 전에 사실관계를 더 확인하라며 사건을 세무서로 돌려보내는 결정입니다. 세무서는 재조사를 마치고 세액을 다시 정합니다.

그런데 재조사 과정에서 다른 항목이 새로 드러나 세금이 오히려 늘어나는 일이 있습니다. 납세자로서는 다투려고 심판청구를 했다가 처음보다 더 많은 세금을 내게 되는 셈입니다. 이때 늘어난 부분을 그대로 받아들여야 하는지, 그리고 무엇을 상대로 다퉈야 하는지가 문제됩니다.

사안

한 법인은 부가가치세를 신고했고, 세무서는 직권으로 경정처분을 했습니다. 일부 항목은 늘리고 다른 항목은 줄여서 전체로는 세액이 줄어든 경정이었습니다. 법인은 이 경정처분에 대해 심판청구를 했고, 심판원은 재조사결정을 했습니다.

세무서는 재조사 결과에 따라 후속 처분을 했습니다. 그런데 두 과세기간에서는 후속 처분의 세액이 심판청구 대상이던 경정처분의 세액보다 많아졌습니다. 법인은 후속 처분에 다시 심판청구를 했으나 기각되었고, 90일 안에 소송을 냈습니다.

원심은 이 부분 소가 제소기간을 넘겼거나, 감액경정 가운데 늘어난 항목만 떼어 다투는 것이어서 부적법하다며 각하했습니다.

법원의 판단

대법원은 2024년 10월 31일 이 부분 원심판결을 파기하고, 당초 처분보다 늘어난 금액에 해당하는 후속 처분을 직접 취소했습니다. 판단은 세 갈래로 나뉩니다.

첫째, 무엇을 다투는지입니다. 전체 세액이 줄어든 감액경정은 납세자에게 유리한 처분이므로, 특별한 사정이 없는 한 그 자체의 취소를 구할 이익이 없습니다. 감액 뒤에 남은 당초 처분의 위법을 다투는 것은 이와 별개입니다. 이 사건에서 소송의 대상은 세액을 늘린 재조사 후속 처분이라고 보았습니다.

둘째, 제소기간입니다. 법인은 후속 처분에 대해 적법하게 심판청구를 하고 그 기각결정을 받은 뒤 90일 안에 소를 냈으므로 기간을 지켰다고 보았습니다.

셋째, 불이익변경금지입니다. 대법원은 재조사결정을 처분청의 후속 처분으로 내용이 채워지는 심판결정의 일부로 봅니다. 그래서 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면, 당초 처분 세액을 넘는 부분은 위법하다고 판단했습니다. 심판원은 청구인에게 더 불리한 결정을 할 수 없는데, 재조사 후속 처분도 그 결정의 일부이기 때문입니다.

이 사건에서 취소된 금액은 두 과세기간을 합해 2억 3천만 원 남짓입니다. 후속 처분 전체가 아니라 당초 처분 세액을 넘은 부분만 취소되었습니다. 당초 처분 범위 안의 세액은 그 자체의 위법 여부를 따로 따져야 합니다.

다만 대법원은 감액경정 안에서 일부 늘어난 항목만 따로 떼어 취소를 구하는 부분은 소의 이익이 없다는 원심 판단을 그대로 두었습니다.

실무상 시사점

현행 국세기본법 제79조 제2항도 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 정합니다. 이 규정은 심사청구에도 준용됩니다. 재조사결정에 따른 후속 처분으로 세액이 심판청구 대상이 된 당초 처분보다 늘었다면, 늘어난 부분이 이 원칙에 어긋나는지 먼저 확인할 필요가 있습니다.

다툴 대상과 기간도 정확히 잡아야 합니다. 현행법은 재조사 후속 처분에 대해 다시 심사·심판청구를 거칠 수도 있고, 거치지 않고 바로 소를 낼 수도 있게 합니다. 바로 소를 내면 후속 처분 결과 통지를 받은 날부터 90일, 다시 심판청구를 거치면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 내야 합니다.

비교는 과세기간별로 합니다. 같은 기간 안에서 어떤 항목이 줄고 다른 항목이 늘었다면 그 기간의 세액 합계를 놓고 불리한지를 봅니다. 납부할 세액이 늘었는지가 기준이기 때문입니다.

세금 전체가 줄었다고 안심할 일도 아닙니다. 세액을 늘린 처분이 따로 있으면 그것이 다툴 대상이 됩니다. 반대로 전체가 줄어든 경정 안의 일부 항목만 떼어 다투기는 어렵습니다.

유의할 점

이 판결은 2022년 12월 개정 전 국세기본법이 적용된 사건입니다. 개정법은 재조사 결과 청구인의 주장과 확인된 사실관계가 다른 경우 등에는 처분청이 당초 처분을 취소·경정하지 않을 수 있도록 했습니다. 당초 처분을 유지하는 것과 세액을 늘리는 것은 구별해야 합니다. 증액된 처분이 재조사결정에 따른 후속 처분인지도 확인해야 합니다.

결론은 처분의 경위와 각 처분의 세액, 통지 시점에 따라 달라질 수 있습니다. 재조사 뒤 세금이 늘어난 통지를 받으셨다면 심판청구 대상이 된 당초 처분과 후속 처분의 세액을 과세기간별로 나란히 놓고 비교해 보시기 바랍니다.