[2021.11.10.자 택스넷] 상장주식의 양도에 대한 소득세법상 부당행위계산 부인

[2021.11.10.자 택스넷] 상장주식의 양도에 대한 소득세법상 부당행위계산 부인에 있어 그 시가의 평가방법 1. 이 사건의 사실관계 가. 원고는 주권상장법인인 A주식회사의 최대주주로서 2012.5.24. 특수관계에 있는 B주식회사에게 A주식회사의 발행주식 680,000주(8.65%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1주당 8,800원 합계 5,984,000,000원에 시간외대량매매 방식으로 양도하였는데(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 당일 이 사건 주식의 한국거래소 최종 시세가액(이하 ‘종가’라 한다)은 1주당 9,200원이었다. 나. 이 사건 양도 당시 B주식회사의 발행주식은 원고가 45.67%, 원고의 아들이 36.22%, 원고의 손자 2명이 나. 각 9.05%를 보유하고 있었다. 다. 원고는 2012.8.31. 양도가액을 5,984,000,000원으로 하여 이 사건 양도에 관한 양도소득세 등을 신고ㆍ납부하였다. 라. 이에 피고는 원고가 이 사건 주식을 특수관계에 있는 B주식회사에게 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여, 구 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조 제5항에 의하여 준용되는 구 상속세 및 증여세법(2013.5.28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제60조 제1항 후문, 제63조 제1항 제1호 (가)목, (나)목 및 제3항에 따라 이 사건 주식의 시가를 평가기준일인 2012.5.24. 전후 각 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액인 9,565원에 최대주주 등 할증률 20%를 가산한 1주당 11,478원으로 산정한 다음, 제1항, 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 제1호, 제4항에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 위 시가에 의하여 계산하여, 2015.1.5. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 490,823,050원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 2. 이 사건의 쟁점 및 관련 법령 가. 이 사건의 쟁점 소득세법 제101조 제1항은 개인과 특수관계인 간의 거래에 있어 양도소득의 부당행위계산에 대하여 규정하고, 제5항에서 제1항에 따른 부당행위계산에 필요한 사항에 대하여 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 제1호 및 제5항은 개인이 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우를 부당행위계산 부인 대상으로 하면서, 그 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하도록 규정하고 있다. 그 결과 개인이 특수관계인에게 상장주식을 시가보다 낮은 가격으로 양도할 경우, 그 상장주식의 시가는 ‘평가기준일 이전ㆍ이후 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액’으로 계산되고, 최대주주의 주식에 대해서는 추가로 ‘가산’까지 된다. 이에 따라 처분청은 이 사건 주식의 시가를 1주당 11,478원으로 산정하였다. 그런데 구 소득세법 제167조 제6항 본문은 개인과 법인 간의 거래에 있어 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 제1항의 규정에 의한 가액, 즉 ‘상장주식의 거래일의 종가’에 해당하는 경우 소득세법 제101조 제1항의 부당행위계산 부인 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. 이를 근거로 원고는 이 사건 주식의 양도가액이 법인세법 시행령 제89조 제1항에 의한 시가인 9,200원에 해당되지 않음을 이유로 구 제6항의 적용이 배제되었음에도 불구하고, 부당행위계산 부인에 있어 이 사건 주식의 시가를 상증세법에 따라 산정하는 것은 부당하므로, 이 사건 주식의 시가는 법인세법 시행 령 제89조 제1항에 따라 9,200원으로 산정하여야 한다고 주장하였다. 결국 이 사건의 경우 특수관계에 있는 개인과 법인 간의 상장주식 양도에 있어 소득세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용할 때, 그 시가의 평가방법을 상증세법에 따를 것인지, 법인세법에 따를 것인지가 문제되고, 이와 관련하여 구 소득세법 시행령 제167조 제6항이 개인과 법인에 적용되는 시가를 법인세법상 시가로 일치시키려는 규정으로 볼 수 있는지가 문제된다. 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제101조 【양도소득의 부당행위계산】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다 ⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 구 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제167조 【양도소득의 부당행위계산】 ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다. 1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 ④ 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다. ⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조 및 「조세특례제한법」 제101조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간”으로 보며, 「조세특례제한법」 “제101조 중 상속받거나 증여받는 경우”는 “양도하는 경우”로 본다. ⑥ 개인과 법인 간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다 (3) 구 상증세법(2013.5.28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것) 제60조 【평가의 원칙 등】 ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다. 제63조 【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출 자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니 한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계 산한 기간의 평균액으로 한다. 나.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제2호에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령 으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다. ③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때, 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인에 해당하는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 “최대주주등”이라 한다)의 주식 등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도 부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식 등 대통령령으로 정하는 주식 등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식 등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. (4) 구 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제89조 【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. 3. 대상판결의 요지 구 소득세법 시행령 제167조 제6항 본문(부당행위계산 부인 적용배제 조항)은 개인과 법인에 적용되는 시가를 법인세법상 시가로 일치시키려는 규정으로 볼 수 없다. 따라서 양도소득의 부당행위계산 부인 대상 여부를 판단함에 있어, 양도하는 상장주식의 시가는 (법인세법이 아닌) 구 상증세법의 규정에 따라 ‘양도일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액’이 되고, 최대주주등이 보유하는 상장주식인 경우 할증률을 가산한 금액이 된다. 결국 피고가 이 사건 주식의 시가를 ‘양도일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액 9,565원에 최대주주등 할증률 20%를 가산한 금액’인 1주당 11,478원으로 보아 부당행위계산 부인 여부를 판단하고 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 적법하다. 가. 구 상증세법 제60조 제1항이 상장주식의 평가에 관하여 시가주의를 원칙으로 하되 평가에 있어서 자의성을 배제하고 객관성을 확보하기 위하여 제63조 제1항 제1호 (가)목 및 (나)목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 간주하도록 한 입법 취지, 상장주식의 평가방법에 관한 구 상증세법 제60조 및 제63조의 규정 체계, 부당행위계산 부인 제도의 취지 및 위 각 규정 내용 등을 종합하여 보면, 양도소득의 부당행위계산 부인 대상 여부를 판단함에 있어 양도하는 상장주식의 시가는 특별한 사정이 없는 한 구 상증세법 제60조 제1항 후문에 의하여 제63조 제1항 제1호 (가)목 및 (나) 목의 평가방법에 따라 산정한 ‘양도일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액’만이 시가로 간주된다고 봄이 타당하다. 또한 양도하는 주식이 최대주주등이 보유하는 상장주식인 경우 그 시가는 위 평균액에 구 상증세법 제63조 제3항에 의한 할증률을 가산한 금액이다(대법원2008두4770,2011.1.13. 판결 참조). 나. 구 소득세법 시행령 제167조 제6항 본문(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 “개인과 법인 간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 소득세법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 이 사건 시행령 조항과 관련 규정의 문언 및 체계, 이 사건 시행령 조항의 취지 등을 종합하면, 이 사건 시행령 조항은 특수관계에 있는 개인과 법인 사이의 주식 등 재산 양도에서 ‘그 대가가 법인세법 시행령 제89조에서 정한 시가에 해당함’을 전제로 하여, 해당 법인의 거래에 대하여 부당행위계산 부인에 관한 가 적용되지 않는 경우 그 상대방인 개인에 대하여도 양도소득의 부당행위계산 부인에 관한 소득세법 제101조 제1항을 적용하지 않는다는 것이다. 이와 달리 이 사건 시행령 조항을 상고이유 주장처럼 개인과 법인에 적용되는 시가를 법인세법상 시가로 일치시키려는 규정으로 볼 수는 없다. 그런데 구 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항은 법인세법 제52조 제2항을 적용할 때 주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 종가에 따르도록 규정하고 있다. 따라서 개인이 한국거래소에서 특수관계에 있는 법인에 상장주식을 양도한 경우에는 위 조항이 정하는 시가인 해당 거래일의 종가로 양도한 때에 한하여 이 사건 시행령 조항에 따라 개인에게 양도소득의 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않게 되는 것이다. 다. 앞서 본 사실관계를 이러한 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 B주식회사에 이 사건 주식을 법인세법상 시가인 1주당 9,200원에 양도하지 않은 이상 이 사건 양도에는 이 사건 시행령 조항이 적용될 수 없으므로, 구 소득세법 시행령 제167조 제5항, 구 상증세법 제60조 제1항 후문, 제63조 제1항 제1호 및 제3항에 따라 ‘양도일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액 9,565원에 최대주주등 할증률 20%를 가산한 금액’인 1주당 11,478원을 이 사건 주식의 시가로 보아 원고에 대한 부당행위계산 부인 여부를 판단하고 그 소득금액을 계산하여야 한다. 따라서 피고가 이 사건 주식의 시가를 1주당 11,478원으로 보고 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 적법하다. 4. 대상판결에 대한 평석 상장주식의 시가 평가방법에 대하여, 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제167조 제5항은 구 상증세법 제63조 제1항 제1호 나목에 따르도록 규정되어 있어, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따른 방법과 차이가 있었다(반면 비상장주식의 시가 평가방법에 대하여 소득세법과 법인세법은 동일하게 규정하고 있다).

이에 따라, 개인과 법인 간의 거래에 있어 그 대가가 법인세법의 규정에 따른 시가(‘상장주식의 거래일의 종가’)에 해당하는 경우에는 구 소득세법 시행령 제167조 제6항에 따라 소득세법 제101조 제1항의 부당행위계산 부인 규정의 적용을 배제하면서, 그 외의 모든 경우에는 상증세법의 규정에 따른 시가(‘평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액’)에 따라 부당행위계산 부인 규정이 적용되는 결과가 초래되는 문제점이 지적되고 있었다. 그런데 (대법원2016두43411,2020.6.18.) 전원합의체 판결은 상장주식의 시가 평가방법에 있어 구 소득세법 시행령 제167조 제5항이 (법인세법의 규정이 아닌) 상증세법의 규정을 준용하고 있는 것이 법률의 위임 범위를 벗어나거나 그 내용이 헌법상 재산권을 침해하는 등으로 위헌ㆍ위법하여 무효인지 여부에 대하여, 구 소득세법 제101조 제5항이 입법자에게 상당한 정도의 입법재량을 부여하고 있고, 쟁점 시행령 조항이 법인세법의 조항이 아닌 상증세법의 시가 평가조항을 준용한 것은 합리적인 입법재량의 범위 내에 있으며, 개인과 법인을 합리적 이유 없이 차별한 것으로 평가할 수도 없다고 판시하여, 쟁점 시행령 조항의 유효성을 인정한 바 있다. 대상판결 역시 위 대법원 전원합의체 판결의 연장선상에서, 구 소득세법 제167조 제6항이 소득세법상 부당행위계산 부인 규정에서의 시가를 법인세법상 부당행위계산 부인 규정에서의 시가와 일치시키려는 규정이 아님을 명시적으로 확인하고, 결국 피고 처분청의 손을 들어 준 것으로 보인다. 대상판결의 이러한 판단은 관련 규정의 문리해석상으로는 일견 타당하다고 할 것이다. 그러나 실질과세원칙을 보충하여 공평과세를 실현하고자 하는 부당행위계산 부인 제도의 입법취지는 소득세법과 법인세법에서 동일하다고 할 것이고, 비상장주식의 시가 평가방법에 대해서는 소득세법과 법인세법이 동일하게 규정하고 있으며, 거래 당사자가 개인인 경우와 법인인 경우에 있어 거래 당사자들의 통모나 거래 내용의 조작 등의 정도에 차이가 있다고 볼 수 있는지는 의문이라는 점에서, 부당행위계산 부인 대상에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 기준이 되는 시가의 평가방법 역시 소득세법과 법인세법에서 동일하게 규정하는 것이 타당하다고 판단된다. 이러한 점을 고려하여 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조는 제7항을 신설하여 상장주식의 시가를 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따른 시가로 하도록 규정하였다. 이로써 현행 소득세법과 법인세법상 상장주식의 시가 평가방법이 일치하게 된 것은 바람직한 일이라 하겠다.